El artículo 69 de la Constitución establece la autonomía universitaria, por cuya virtud las universidades tienen capacidad de autorregulación filosófica y académica, así como independencia para determinar sus formas de gobierno. Esa autonomía no es un fin, como parecen entenderlo a veces las burocracias universitarias, sino la garantía de uno de los pilotes sobre los que están edificadas las sociedades que persiguen su progreso y mejoramiento: la libertad académica, que a su vez es la atmósfera espiritual imprescindible para que los estudiantes puedan desempeñar su trabajo y desplegar su razón de ser.

Dado entonces que la finalidad de la autonomía universitaria es permitir que las universidades cumplan con su función social, y que esta no es otra que construir y transmitir conocimientos en las ciencias, las artes y las humanidades, resulta ajena a su contenido su instrumentación como simple prerrogativa de tipo empresarial, así como su invocación como muralla de aislamiento frente a la sociedad o su utilización como herramienta de control dentro de las instituciones. Tal como lo dijo nuestra Corte Constitucional en el año 2005, la autonomía universitaria existe para que las universidades sean “verdaderos centros de pensamiento libre, exentos de presiones que puedan perturbar su cometido o que les impidan cumplir adecuadamente con sus objetivos y funciones”. Andrés Bernasconi, ha puesto de relieve la estrecha relación que existe entre la autonomía universitaria y la legitimidad de los gobiernos universitarios, bajo el entendido de que estos, como todos, requieren de legitimidad para sostenerse y de que esa legitimidad no puede desatender su aptitud para conducir a estos centros educativos hacia el cumplimiento de su misión. La legitimidad universitaria, entonces, se mantiene en cuanto no desatienda los fines de la universidad, y en su origen, puede provenir de lo que este autor llama la “jerarquía del saber”, es decir, la auctoritas de los profesores con más reconocimiento o mayor vocación académica, o también puede tratarse de una legitimidad política racional basada en el voto y la confianza de los miembros de la comunidad académica. Sin embargo, el autor también reseña una tendencia reciente a admitir tipos burocráticos o corporativos de legitimación, que apuntan a la gestión administrativa más que a la actividad académica, casos en los cuales es común el desplazamiento del gobierno universitario hacia actores externos a las instituciones, de los que se espera acierto en la gestión de los recursos económicos de las universidades y poca inferencia en los procesos académicos. Por supuesto que la gestión de las universidades debe tener en cuenta la necesidad de supervivencia económica de los centros de educación superior, eso es una obviedad, pero dado que la finalidad de estas no es la obtención de lucro, sino el progreso cultural y científico de la sociedad, no debe perderse de vista ese vínculo entre autonomía universitaria y libertad académica. Por tanto, la autonomía y el gobierno de las universidades deben estar al servicio de su comunidad, esto es, profesores, profesoras y estudiantes, que son quienes, en la búsqueda de nuevos horizontes científicos o culturales, en un ambiente de libertad, hacen universidad.